Auf Fuerteventura gibt es in mehreren Städten Häfen. Der größte Umschlageort der Insel ist der Hafen von Peuerto del Rosario (Hauptstadt von Fuerteventura). Dieser Hafen ist nicht nur ein Handelshafen sondern auch eine Anlaufstelle für Kreuzfahrtschiffe, zum Beispiel der AIDA. Außerdem bestehen von dort aus Fährverbindungen nach Gran Canaria, Teneriffa, Lanzarote und in den Süden von Fuerteventura nach Morro Jable.
Weitere Häfen gibt es neben Puerto del Rosario in Gran Tarajal, Corralejo, Caleta de Fuste, El Cotillo und Morro Jable. Wobei die Häfen in El Cotillo und Caleta de Fuste kleinere Yachthäfen ohne Fährverbindungen oder größeren Umschlagevolumen sind!
Hafen von Puerto del Rosario auf Fuerteventura